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Nouvelle version du package R 'zscorer' disponible dès maintenant

Cette question a été affichée dans le forum de discussion Évaluation et Surveillance et a des réponses 8.

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Mark Myatt

Epidemiologist at Brixton Health

Utilisateur fréquent

5 nov. 2019, 14:55

Ernest et moi avons travaillé sur le package zscorer pour le langage R pour l'analyse de données et les graphiques. La version v0.3.1 du paquet zscorer calcule et ajoute des scores z anthropométriques nutritionnels aux données d'enquête :

  • Z-scores de poids pour la longueur (wfl) pour les enfants d'une longueur comprise entre 45 et 110 cm
  • Z-scores poids-pour-taille (wfh) pour les enfants avec des tailles entre 65 et 120 cm
  • Z-scores de longueur pour l'âge (lfa) pour les enfants de moins de 24 mois
  • Z-scores de taille pour l'âge (hfa) pour les enfants âgés de 24 à 228 mois
  • Z-scores de poids pour l'âge (wfa) pour les enfants âgés de zéro à 120 mois
  • Score z de l'indice de masse corporelle selon l'âge (bfa) pour les enfants âgés de zéro à 228 mois
  • Z-scores MUAC par âge pour les enfants de 3 à 228 mois
  • Z-scores de triceps peau-pour-âge (tsa) pour les enfants âgés de 3 à 60 mois
  • Scores z sous-scapulaires du pli cutané pour l'âge (ssa) chez les enfants âgés de 3 à 60 mois
  • Z-scores du tour de tête en fonction de l'âge (hca) pour les enfants âgés de zéro à 60 mois

Les scores z sont calculés à l'aide des normes de croissance de l'enfant de l'OMS pour les enfants âgés de zéro à 60 mois ou des références de croissance de l'OMS pour les enfants d'âge scolaire et les adolescents.

La nouveauté dans cette version est que les scores z PB pour âge (mfa) des enfants âgés de 60 à 228 mois sont calculés à l'aide de la nouvelle référence de croissance PB pour âge développée par Mramba et al. (2017) à l'aide de données provenant des États-Unis et d'Afrique :

Mramba L, Ngari M, Mwangome M, Muchai L, Bauni E, Walker AS, et al. A growth reference for mid upper arm circumference for age among school age children and adolescents, and validation for mortality: growth curve construction and longitudinal cohort study. BMJ. 2017

Cette référence a été validée avec des enfants d’âge scolaire et des adolescents africains.

Zscorer est fourni avec les données de référence de croissance de l'OMS et les nouvelles données de référence MUAC-for-age.

Le package contient une application Shiny qui fournit une interface Web aux fonctions du package. Vous pouvez voir un exemple de cette fonctionnalité ici .

Le paquet peut être téléchargé et installé dans R de la manière habituelle. Le site Web du paquet est ici .

Un manuel est inclus dans l’emballage et il est disponible ici .

Carlos Grijalva-Eternod

UCL Institute for Global Health

Utilisateur régulier

5 nov. 2019, 19:54

Ce paquet R est très bine conçu et très utile.

Merci Mark et Ernest.

Ernest Guevarra

Valid International

Utilisateur fréquent

5 nov. 2019, 20:15

Merci de partager tout cela sur le forum Mark.

Mark et moi-même sommes heureux de pouvoir partager ce package, ainsi que l'interface Web correspondante, avec le forum et avec tous ceux qui réalisent des études et des enquêtes sur la nutrition. Nous pensons que cela comble une lacune que nous avons constatée à partir de certaines des questions / problèmes soulevés dans la discussion qui concerne les outils de calcul du score z.

Pour ceux qui utilisent déjà le langage R pour l’analyse de données et les graphiques, l’installation et l’utilisation se feront simplement à l’aide des liens que Mark partage, documentant les fonctions du paquet zscorer.

Pour ceux qui n'utilisent pas R ou qui en sont encore aux premiers stades de l'apprentissage de R, l'interface Web permet à quiconque d'effectuer les calculs à l'aide d'une interface utilisateur simple et conviviale.

Ce paquet et l'interface Web sont en développement actif. Mark et moi-même sommes heureux de recevoir vos commentaires / commentaires / problèmes, rapports de bugs / demandes de fonctionnalités via le forum EN-NET ou via notre portail de développement GitHub, disponibles ici . Mark et moi-même soutenons également le développement open source et, en tant que tel, notre base de code est disponible afin que quiconque puisse en prendre connaissance et en tirer des commentaires. Ceci est à nouveau disponible via notre portail de développement GitHub .

Anonyme 27728

Étudiant

Utilisateur régulier

5 nov. 2019, 22:13

Excuse moi pour moi c’est pas une réponse  mais plutôt une question: dites-moi si vous connaissez un moyen de calculer le poids cible à l’ai Du points et de la taille d’un enfant sans utilise la table de Zscore de l’OMS?  

J’aimerais savoir s’il y’a une autre méthode pour avoir le poids cible d’un enfant sans utiliser la table de zscore de l’OMS car après avoir prendre les paramètres anthropométriques pour le P/T -3 on utilise la table de l’OMS pour avoir son poids cible ma question est de savoir s’il y’a une autre méthode de calcul 

 merci d’avoir pris ma question en considération, Tidiani Cisse Etudiant 

Sharon E Cox

Professor of Epidemiology & Nutrition

Utilisateur régulier

6 nov. 2019, 01:32

Merci Ernest et Mark. Je conviens que cela comble un vide. J'en ferai part à mes étudiants.

Mutegi Kevin

Utilisateur régulier

6 nov. 2019, 03:02

Merci Mark et Ernest

Mbaye Diop

CLM

Utilisateur régulier

7 nov. 2019, 13:59

Bonjour,

Il existe de poids cibles attendus pour une periode de 1 mois dans le cadre du suivi promotion de la croissance (SPC).

essait de faire connaissance avec ces tableaux mais c'est pour les enfants de 0-23 mois.

Merci

Mark Myatt

Epidemiologist at Brixton Health

Utilisateur fréquent

7 nov. 2019, 16:16

Cher Anonyme 27728 / Étudiant / Tidiani Cisse,

Je ne suis pas sûr de comprendre votre question. Je suppose que vous avez un cas de MAS avec P/T < -3 et que vous souhaitez déterminer quel poids correspoindrait à P/T > = 2 et cela devient un «poids cible». Est-ce exact ?

Si c'est le cas, il devrait être assez facile d'écrire un court script R qui utilise les fonctions et les données de référence du paquet zscorer pour effectuer les calculs. Vous pouvez encapsuler ce script avec Shiny pour pouvoir effectuer les calculs dans votre navigateur Web.

La mécanique du script R ressemblera à ceci :

## Charger la bibliothèque zscorer
bibliothèque (zscorer)

## Sexe, poids et taille pour un cas MAS
sexe = 1
hauteur = 91
poids = 9,9

## Calculez P/T pour ce cas
getWGSR (sexe = sexe, première partie = poids, deuxième partie = taille, index = "wfh")

Cela donne:

[1] -3,633671

Il s'agit du P/T pour le cas spécifié (par exemple, sexe = 1 (pour les hommes), taille = 91 et poids = 9,9).

Nous devons maintenant calculer quel poids pour la hauteur actuelle donne WHZ = 2

## Spécifiez la fonction objectif
objFun <- fonction (poids)
{
résultat <- getWGSR (sex = sex, firstPart = weight,
secondPart = hauteur, index = "wfh") + 1.99
retour (résultat)
}

## Trouver le poids qui donne une réponse proche de zéro
uniroot (objFun, intervalle = c (poids, 25)) $ racine

Cela donne:

[1] 11.23279

C'est le poids cible

Nous pouvons vérifier le résultat avec la taille d'origine et le poids cible :

getWGSR (sexe = 1, première partie = 11.23279, deuxième partie = 91, index = "wfh" (p/t))

Cela donne:

[1] -1.990001

comme nous le voulions juste au-dessus de P/T = -2.

Ce processus suppose qu'aucune hauteur n'est gagnée pendant le traitement. Ce n'est peut-être pas toujours le cas, car les enfants ont tendance à grandir rapidement lorsque leurs besoins nutritionnels sont satisfaits.

Une alternative simple ... Les directives de l'UNICEF ont pour objectif un gain de poids de 15%. Pour l'exemple de l'enfant, ce serait :

9,9 * 1,15 = 11,385

Nous pouvons vérifier ce que cela donne :

getWGSR (sexe = 1, première partie = 11.385, deuxième partie = 91, index = "wfh" (p/t))

Cela donne:

[1] -1.813269

qui est également un peu au-dessus de P/T <-2, ce qui laisse de la place pour un petit gain de hauteur.

L’apporach de gain de poids proportionnel de 15% est simple à appliquer avec une table ou à l’aide d’une calculatrice de poche économique et simple.

Aussi ... Les tables de poids cibles GMP sont pour une croissance de poids normale et nous nous attendons / voulons une croissance accélérée dans l'alimentation thérapeutique.

J'espère que cela vous sera utile.

Martin Njoroge

Epidemiologist

Utilisateur régulier

13 nov. 2019, 08:57

Merci Mark et Ernest. Informatif et utile.

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